Hijo de Lucián de Esbarroya y Francisca de Silva, matrimonio que tuvo once hijos: Lucián, Agustín, Juan Bautista, Gregorio, Felipe, Pedro, Vicente, María, Andrea, Isabel y Jerónimo. El padre era oriundo de Génova, de la nobleza menor de aquella ciudad, Agustín profesó en San Pablo de Córdoba, el convento de los caballeros, donde hizo la carrera de Filosofía y Teología, pues florecía allí un prestigioso Studium Generale. El 6 de marzo de 1523 juró los estatutos de Santo Tomás de Sevilla, donde completó su carrera y donde vivió el resto de su vida como profesor de Filosofía y de Teología, y como rector de la institución desde 1550 hasta su muerte, ocurrida en Córdoba el 10 de agosto de 1554.
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